Lorsque Oscar Diggs, un petit magicien de cirque sans envergure à la moralité douteuse, est emporté à bord de sa montgolfière depuis le Kansas poussiéreux jusqu’à l’extravagant Pays d'Oz, il y voit la chance de sa vie. Tout semble tellement possible dans cet endroit stupéfiant composé de paysages luxuriants, de peuples étonnants et de créatures singulières, même la fortune et la gloire. Celles-ci semblent d’autant plus simples à acquérir qu’il peut facilement se faire passer pour le grand magicien dont tout le monde espère la venue. Seules trois sorcières, Théodora, Evanora et Glinda semblent réellement douter de ses compétences. Grâce à ses talents d’illusionniste, à son ingéniosité et à une touche de sorcellerie, Oscar va très vite se retrouver impliqué malgré lui dans les problèmes qu’affrontent Oz et ses habitants.
Le programme Treadstone dont Jason Bourne était le cobaye n'était que la partie émergée d'une vaste conspiration, mise en ?uvre par plusieurs branches du gouvernement et concernant plusieurs agences de renseignement, programmes militaires et laboratoires secrets.
De Treadstone est ensuite né Outcome, dont Aaron Cross est l'un des neuf agents. Plus que des tueurs, ce programme forme ces hommes à assumer des missions à haut risque en solo. Mais en dévoilant une partie de l'organisation, Jason Bourne laisse derrière lui un héritage explosif. Désormais tout est compromis, les agents d'Outcome doivent alors être supprimés, pour que le directeur du programme, le colonel Byer, puisse continuer ses activités.
Aaron Cross réussit à échapper à l'assassinat puis va être aidé par le docteur Shearing, une biochimiste du programme qui est également sur la liste des personnes à exécuter. Les agents Outcome suivent un traitement médicamenteux qui leur permet d'accroitre leurs capacités physiques et intellectuelles, mais qui ne peut pas être interrompu.
Ils se rendent à Manille, où se trouve un virus permettant de rendre définitifs les effets des médicaments. Leur trace est retrouvée, la police de Manille se met à les rechercher, et un tueur du programme LARX est envoyé. Une fois le virus injecté, Aaron devient malade, ils s'installent dans un hôtel. Le lendemain, la police et le tueur les trouvent, une course poursuite s'engage. La police perd leur trace, et le tueur a un grave accident. Ils quittent Manille en bateau, incognito.
Cinq mille ans avant notre ère, le Roi Scorpion (The Rock), fit un pacte avec le dieu Anubis, qui l'aida à vaincre ses ennemis, à l'aide d'un bracelet, en échange de son âme. Il reçoit alors le commandement de la terrible armée d'Anubis. Mais une fois sa partie du pacte accompli, Anubis obligea le Roi Scorpion à le servir pour l'éternité.
Neuf ans se sont écoulés depuis que Rick O'Connell (Brendan Fraser) et Evelyn (Rachel Weisz) ont fait la terrible rencontre avec Imhotep (Arnold Vosloo), la momie ressuscitée. Ils mènent leur vie dans un manoir à Londres avec Alex, leur fils âgé de 8 ans, lui aussi fasciné par l'Égypte ancienne et qui participe activement aux recherches archéologiques de ses parents.
Ils se rendent en Egypte, où ils trouvent le bracelet du Roi Scorpion qu'ils rapportent chez eux. Mais Alex veut l'essayer, et le bracelet s'accroche à son bras.
Une nouvelle tempête se prépare dans les profondeurs du désert saharien, dans l'oasis perdue d'Am shere.
Une secte mystérieuse et avide de pouvoir, menée par le conservateur du British museum et la séduisante Anck-su-namun réincarnée, ramène à la vie la seule créature capable de vaincre le Roi Scorpion : le grand prêtre Imhotep, condamné depuis trois mille ans à errer comme un mort-vivant pour avoir séduit la maîtresse du Pharaon Séthi Ier et dont la momie a été ramenée secrètement au British Museum. Imhotep convoite le bracelet détenu par les O'Connell, bracelet qui lui permettra de trouver l'oasis secrète où repose le Roi Scorpion et de libérer l'armée d'Anubis. Pour ce faire, il kidnappe Alex et commence une formidable odyssée qui les mène de Karnak à Am shere en passant par Abou simbel et Philae. La famille O'Connell les suit dans un dirigeable guidé par un ami de Rick. Imhotep veut tuer le roi scorpion, ce qui lui permettrait de prendre le pouvoir sur l'armée d'Anubis. Ardeth Bay (Oded Fehr), chef des Medjaï, implore O'Connell d'intervenir pour empêcher cet acte aux conséquences désastreuses.
En 1290 avant Jésus-Christ, le grand prêtre Imhotep a une liaison amoureuse avec Ankhsunamon, la femme du pharaon Séti Ier. Et lors d'une rencontre entre les deux amants, ils sont surpris par le pharaon qu'ils assassinent. Puis arrivent les gardes de Séti Ier, Ankhsunamon se suicide et le grand prêtre s'enfuit pour pouvoir la faire revenir d'entre les morts. Imhotep vole son cadavre et l'emmène à Hamunaptra où il commence un rituel de résurrection. Capturé par les soldats du pharaon avant la fin de la cérémonie, il est condamné au Om-daï c'est-à-dire être enfermé vivant dans un sarcophage avec des scarabées mangeurs de chair qui le dévorent vivant.
En 1926, une bibliothécaire, Evelyn (Evy) Carnahan, et son frère, Jonathan (Jon), s'allient avec un homme nommé Rick O'Connell qui prétend connaître l'emplacement secret de Hamunaptra. Le groupe rivalise avec une bande de chasseurs de trésors américains conduits par un égyptologue du nom d'Allen Chamberlen. Ces derniers sont guidés par Beni Gabor, un ancien ami de Rick.
Les deux groupes atteignent Hamunaptra en même temps. Ils sont attaqués par les Medjai, descendants des gardes de pharaon qui, depuis trois mille ans, défendent l'emplacement de la nécropole maudite. Les Américains trouvent un coffret surmonté d'une malédiction, qui contient le Livre des Morts et des vases canopes. Sur le coffret il est écrit que la créature viendra aspirer fluide et organes de ceux qui l'ouvriront. Pendant ce temps-là, Rick, Evy et Jon trouvent sous la statue d'Anubis une momie qui se trouve être celle d'Imhotep.
La nuit suivante, Evelyn récite une formule du Livre des Morts, ce qui réveille Imhotep. Celui-ci tue les trois américains et l'égyptologue qui ont ouvert le coffret, ce qui lui permet de se régénérer petit à petit. Il poursuit le reste de l'expédition jusqu'au Caire, puis enlève Evelyn car il en a besoin pour ressusciter son ancienne maîtresse. Rick et Jonathan retournent à Hamunaptra avec l'aide du medjai Ardeth et sauvent Evelyn avant l'issue fatale. Ils tuent Imhotep et rentrent chez eux, une idylle s'étant développée entre Rick et Evy.